Tendoshuu'nun O-Edo Merkez Terminalini işgalinin üzerinden iki yıl geçti. O zamandan beri Yorozuyalar kendi yollarına gittiler. Utsuro'nun dönüşünü öngören Gintoki Sakata, diğer adamın Altana'sının izlerini bulmak için Dünya'nın ley hatlarını araştırmaya başlar. Ölümsüzlük arayışına devam eden Tendoshuu'nun kalıntılarıyla karşılaştıktan sonra Gintoki, Edo'ya geri döner. Daha sonra yeniden bir araya gelen Shinsengumi ve Yorozuya, işgal altındaki Merkez Terminale bir saldırı başlatır. Tendoshuu'nun gemisinin enkazından çıkan Altana patlama tehlikesiyle karşı karşıyayken Yorozuya ve müttefikleri düşmanlarıyla savaşırken, Edo'nun ve dünyanın geri kalanının güvenliği tehlikededir. Öğretmenlerinin dileklerini yerine getiren Shouyou Yoshida'nın eski öğrencileri, geleceklerini kurtarmak için bir araya gelir ve geçmişlerini son bir kez yeniden yaşarlar. [MAL Yeniden Yazma tarafından yazılmıştır]